Pesantren Al Moenawwir Cikal Bakal Pesantren Al Quran

Pesantren Al Moenawwir didirikan oleh KH. M. Moenawir pada tanggal 15 November 1910. Awalnya bernama Pondok Pesantren Krapyak, karena memang terletak di desa Krapyak, Yogyakarta. Pada tahun 1976 nama pondok tersebut ditambah Al Moenawwir, jadi sekarang nama lengkapnya Pondok Pesantren Al Munawwir Krapyak, Yogyakarta. Penambahan nama tersebut untuk mengenang jasa-jasa dan perjuangan pendirinya KH. M. Moenawwir.
Pada awal pendirianya Pondok Pesantren Al Moenawwir berkosentrasi pada pengajaran ilmu Al Quran saja, kemudian pada perkembangan selanjutnya setelah diasuh oleh KH. Ali maksum merambah keberbagai disiplin ilmu lainya, khususnya pengajian-pengajian dan pendalaman kitab-kitab kuning. Bukan hanya itu KH. Ali maksum juga merintis pendirian Madrasah Huffadz (sekolah menghafal Al Quran) Madrasah Ibtidaiyah, Tsanawiyah dan Aliyah. Selain pengajaran ilmu Al Quran, di Madrasah-madrasah ini juga diajarkan ilmu Tafsir, Fiqh, Tauhid, Akidah Akhlak, Bahasa Arab, Sejarah Kebudayaan Islam, dan ilmu Hadist sesuai dengan tingkatan madrasah.

Metode pengajaran Al Quran yang digunakan adalah metode bin-Nadzar dan bil ghaib. Sebagai rujukan awal para santri diwajibkan menghatamkan metode pengajaran bin Nadzar dengan baik sebelum menempuh metode pengajara bil ghaib. Metode pengajaran bil ghaib menggunakan beberapa cara, salah satunya yang sering dilakukan adalah, sang Kyai mengikuti santri untuk menghafal ayat, surat atau juz, kemudian santri disuruh menghafal suatu ayat, surat, atau juz dan dilanjutkan santri yang lainya hingga khatam tiga puluh juz. Bagi santri yang sudah khatam metode pengajaran Al Quran bil ghaib disyaratkan harus melakukan Ardloh secara musyafahah sebanyak tiga kali. Cara yang dilakukan biasanya sang Kyai membaca suatu ayat kemudian santri disuruh meneruskan ayat tersebut, jenis surat, letak ayat atau surat dan kedudukanya. Kemudian dilanjutkan dengan penghafalan atau pengkhataman ulang selama empat puluh satu hari berturut-turut.

Pondok Pesantren Al Munawwir, Krapyak, Yogyakarta besar karena keilmuanya dan menjadi rujukan utama bagi para santri yang ingin memperdalam dan menghafal Al Quran. Tercatat dalam sejarah ulama-ulama terkemuka Indonesia pernah mengenyam pendidikan di Pondok Pesantren Al Munawwir seperti KH. Abdurrahman Wahid (Gus Dur) dan KH. Mustofa Bisri (Gus Mus).